２月の定期試験を前に何かと浮かれている薄桜学園。試験の成績が悪い生徒には恐怖の罰則が待っているが、そのあとには学園初の女生徒のいるバレンタインデーがあるからだ。自分の想いに気付いた藤堂、沖田は千鶴にアプローチを仕掛ける中、斎藤も胸の苦しみが何であるかを悟る。また、原田もあることをきっかけに千鶴を抱きしめてしまうが、担任教師のため告白は思いとどまるのだった。そして風間は千鶴からチョコレートを貰うため、生徒会長権限で全学年最高得点者には願い事を一つ叶える、というルールをいきなり作ってしまう。教頭の土方はそんな学園の状況を苦々しく見守っていた。一方、卒業式のイベントを任された山崎は千鶴とある計画を相談するのだった…
学生として避けては通れぬ道、定期試験を前にして学園内はピリピリムード。それもそのはず、定期試験で点数が悪かった生徒には恐怖の罰則が待っているのだ。千鶴もその例外ではなく、必死に試験勉強に精を出す。罰則を作った土方の生徒への秘めた想いを聞いた千鶴は、試験へ向けて気合いを入れ直す。千鶴の幼馴染みで剣道部員の藤堂は教頭である土方と一緒に歩く千鶴の姿を偶然見かけてしまい―
定期試験の束縛から解放され、学園にも通常の生活が戻ってきた。が、千鶴の周りはなぜかいつも騒ぎが絶えない。千鶴を嫁と呼び（勝手に）将来を夢見る風間は千鶴への最高のプレゼント探しに余念がない。千鶴への想いを秘めた沖田は早速行動を起こし、千鶴を屋上へと誘う。その頃、藤堂は土方と一緒に歩く千鶴の姿を思い出して、剣道の練習にも身が入らない。そんな藤堂を心配する斎藤もまた、千鶴に対する言葉にならない感情に戸惑いを抱えていた。
薄桜学園の次なる大イベント学園祭が迫る中、千鶴は沖田と土方の確執が気になって仕方がない。今までにない素直な気持ちを千鶴に告白する沖田。藤堂は土方と千鶴の関係に頭を悩ませ、未だくすぶる苛立ちを解消できずにいた。千鶴をウリにしたクラスの出し物が決まり、戸惑う千鶴を気遣う原田。千鶴を過剰に心配する双子の兄、南雲が暴走し…果たして学園祭は無事に迎えられるのか？
千鶴への想いをくすぶらせ続け、元気のない藤堂に、数学教師の永倉が声をかける。永倉の励ましにより前向きさを取り戻した藤堂に笑顔が浮かぶ。一方、千鶴がメイドカフェをやると知った風間は興奮を隠しきれない。カフェの内装の買い出しに行く千鶴と担任の原田。その楽しそうな2人を見かけて戸惑う斎藤。しかし、斎藤はその戸惑いの正体に気づけずにいた。順調に準備が進む中、ついに大事件が起こる―
井吹達と買い出しに行っていた千鶴が、不良連中にさらわれた！大事件の情報は学園の仲間達の間に瞬く間に伝わっていく。そして、千鶴を助ける為に集まった、土方・沖田・斎藤・藤堂・原田。竹刀を手に次々と不良達を沈めていく彼ら。その姿はかつて、幕末の世に千鶴が見ていた世界と同じだった。昔も今も、男達の胸にあるのは「千鶴を救いたい」「大切な人を護りたい」その一心。しかし、運命は無情にも千鶴に牙を向き…
かつて、幕末の世で千鶴が抱いていた想い。「もしもここではないどこかなら、私達の運命も違っていたのかな」その想いは叶った。土方・沖田・斎藤・藤堂・原田・風間らの健闘によって、千鶴は無事に救出された。しかし、大切な仲間達に迷惑をかけてしまった、と自分を責める千鶴は学校を休んでしまう。それぞれが千鶴への想いを胸に千鶴を待つ。そして千鶴不在のまま、ついに学園祭当日を迎える―
